Винда видит оба. Я вообще до Ubuntu проблем с этими дисками не знал ставил и ставил Windows Vista и Windows 7 и Linux Mandriva (сейчас Windows XP и Debian). Все всегда без проблем видилось.На форумах попадалось что-то про какие-то перемычки на самих дисках. Я что-то не рискнул пока проэкспериментировать (боюсь инфу с дисков потерять).
Я когда ставил alternate 10.04, то при установке включил sata raid (ну, ей показалось, что так надо, и она предложила). В итоге она не видела sata. Пришлось перезапустить установку.
Это очень странная проблема поэтому я сделал такой вывод Я думаю Linux пытается систему поставить в режиме RAID 1:0 или 1:1, а винда не может этого сделать потому что диски разной маркировки и поэтому видит нормально два HDD. Залезь в настройки RAID SATA (Не биос) и покрути там что нибудь, я думаю там проблема.