Насчет файлов. Очень может быть, что вы имеете дело с такой фичей, как фоновое копирование. В убунтах это особенно заметно, когда пытаешься копировать в консоли и в наутилусе. Консоль показывает реалтайм, несколько минут, а GUI изобразят что все готово за секунды Но если после этого выдернуть флешку - фоткус-покус - там половины еще не будет.Если не ошибаюсь, в ext4 (где-то читал) такое копирование заложено в свойствах ФС.Так что не нужно обольщаться))Это по моим наблюдениям, не пинайте.
служба фонового копирования еще и в винхр есть. по поводу ФС, ext4 сбалансирована на данные большого и маленького размера, и на их кол-во соотвественно, да и найдите в гугле тесты сравнения производительности ext и ntfs.