10Из чего запускаеш? Из вайна?Если да, то рекомендую поставить PlayOnLinux. Там для каждого приложения можно создать свой префикс и переопределить настройки вайна. Соответственно выставляеш Виртуальное окно требуемого разрешения и Фперет.
11 вайн уже сам умеет все это и давольно давнопо сабжу: как насчет индуского метода? берем бакупим конфиги панелек с гконфа и восстанавдливаем бакуп после игры ))))