Дык отцепи винт с убунтой на время установки форточек, они станут независимо, потом цепляй обратно, загрузку выбирай при старте через биос (какая обычно, тот винт первый), а если надо вторая, то на всех современных матерях есть опция выбора, с чего грузится, при посте жмешь F8-F12 (посмотри, какая у тебя) или изредка Esc (на паре моделей, а также на ноутбуках часто) и выбираешь там второй винт.
Как вариант в /boot/grub/menu.lst добавить пару строк типо title Windows XProot (hd0,0)makeactivechainloader +1Grub loading stage1.5пресс эскейп ляляляляляНажми эскейп и выбирай винду. По дефалту будет грузиться то, что первое в списке
Я кстати примерно так и сделал. Но сначала у меня винда снесла загрузчик. Я его через Super Grub Что-то там восстановил, а потом в него прописал то написал Алексей