я в свое время тож хотел запихнуть двд-образ на флеху, и тож переформатировал ее в ntfs, в итоге через две недели обнаружил несколько поломанных файлов, это были как раз бекапы проекта на с++, бекапил я тогда довольно часто)) испугавшись и решив, что это уже сектора на самой флешке сожглись, я отформатировал ее обратно в ЖИР32, и (о чудо) никаких багов с тех пор не наблюдалось.
Вовсяком случае у меня флешка 7 гигаИ когда надо на мастдай перенести игру скачаную с линукса 4 с половиной гига ограничений фата реально не приятно :(Просто фат создавался на те времена когда жостких дисков небыло на 1 гига даже.
хмм есть на сайте винды патчик для того чтобы видел (хоть убейте не помню какую ) ФС, которая держит более 4Гб. форматнуть флешку в2 раздела 1 оставить фат и скачать туда патчик и на каждую машину его ставить а на 2 то что тебе нужно, заливай файлы но т.к. не помню какую ФС видит MS то считайте трололо