парни, вы меня удивляете если честно . я админю 3 года а за компом под форточками с мс доса . и переустановкой Оси я закончил заниматься ещё классе в 10ом . все решалось на месте без реинсталов, вдаваясь в суть каждой пролемы и извлекая опыт из этого .
объясняю. Это метапакет, который сам по себе ничего не содержит, но в зависимостях тянет весь стандартный гном с стандартными приложениями. После этого наличие этого пакета в системе не даст apt посчитать ненужным наличие гнома при выполнении apt-get autoremove
ubuntu-desktop - мета пакет, сам в себе ничего не содержит, предполагает зависимости. Смотреть тут http://packages.ubuntu.com/ Так вот, он по зависимостям ставит необходимые пакеты. Правильный вопрос: как был установлен гном. Скорее всего метапакетом, который поставил гном в полном составе. При этом сам метапакет получает статус установленного вручную, а его зависимости - статус установленных по зависимостям (возле пакета в псевдографическом интерфейсе aptitude будет буква А - установлен автоматически). Когда вы начали удалять компоненты гнома, то автоматически удалился исходный метапакет, а значит осталось множество пакетов, от него зависящих, которые были установлены автоматически. По-этому aptitude считает, что они больше не нужны. Выходов два: 1. поменять статус ключевым пакетам гнома - сделать установленными вручную; 2. правильный вариант - устанавливать от обратного: сначала необходимый минимум, затем минимум требуемых приложений к нему (как здесь уже говорилось, без ненужных зависимостей; по ссылке выше можно проследить зависимости пакетов и найти минимально необходимый) Хорошая статья по теме http://citkit.ru/articles/355/
Надо почитать маны. Навскидку sudo aptitude, там Ctrl+T - меню. Найти требуемый пакет и нажать m. Или вот aptitude unmarkauto - в мане написано. Честно говоря, не задавался целью поменять статус всем пакетам.