Чтобы шифрование раздела не сильно портило производительность мускула нужно дать ему побольше памяти и не очень часто делать flush (можно смотреть на загрузку сервера и во время наименьшей загрузки сбрасывать таблицы). Всё зависит от размера базы, нагрузки на неё и критичности данных в ней. Если нужна надёжность, то надо включать бинарные логи транзакций и в случае проблем восстанавливаться по ним. Но ведение таких логов - это опять же обращение к дисковой подсистеме.