Вообще я для автомагнитолы делаю почти то же, что и ты -только не с флак, а с мп3, и для этого использую утилиту mpeg123. Быстрый поиск в Гугле подсказал, что существует утилита flac123, думаю, она тебе поможет.Точно поможет - Flac123 is a console-line Free Lossless Audio Codec (flac) audio player.It implements mpg12339;s 39;Remote Control39; interface and has the ability to output to a wav file or stdout.