да мне кажется ТС что то путает )в жизни не качал сорцы ядра прям, да еще с kernel.org, да еще для vbox39;а. потому что headers уже установлены, по дефолту. да и vbox встает без проблем.зачем делать /etc/init.d/vboxdrv setup ???что? почему? ниче не ясно .так было например когда на 9.10 тупила коробка, после кажд перезагрузки делать приходилось.но достаточно было vbox обновить и все стало ОК.в общем история странная, запутанная и не описаная )
Вы обновили ядро видимо, просто удалите и поставьте виртуалбокс обратно. Вирт машины и настройки будут нетронуты. Но проверьте что у вас пакет именно для люсид, а не кармик, вы вроде старый ставите.